總后勤部授予的《圍巾廠家會計核算管理辦法》規(guī)定，全力推動醫(yī)院成本計算體制改革，改進醫(yī)院會計運作體系，提高醫(yī)院會計運作高效率。圍巾廠家財務核算學科、工作流程的轉變必然危害醫(yī)院財務會計信息系統(tǒng)每個構成因素，為考慮醫(yī)院財務部對財務會計信息系統(tǒng)內部控制的特別要求，對財務核算內部控制總體目標、控制層級、控制步驟、控制對策開展整理和討論變成財務核算改革創(chuàng)新全過程中極其重要的基本性階段。

圍巾廠家財務會計信息系統(tǒng)內部控制總體目標，應依據醫(yī)院診療、科學研究、課堂教學等主題活動的特性和管理方法規(guī)定開展提煉出，實際包含下列三個層面：一是合理合法總體目標，嚴苛貫徹落實國家、部隊有關法律法規(guī)。二是可信性總體目標，內部控制規(guī)章制度科學規(guī)范、財務會計信息真正靠譜、財產安全性詳細、診療業(yè)務流程主題活動井然有序運作。三是高效率性總體目標，財務會計信息立即有效、經濟收益平穩(wěn)提升、管理方法主題活動高效率。

系統(tǒng)軟件宏觀經濟控制醫(yī)院明確提出系統(tǒng)軟件運作總體目標，從宏觀經濟視角指出網絡空間下醫(yī)院財務會計信息系統(tǒng)內部控制的戰(zhàn)略方針、現行政策和基本要素。

系統(tǒng)軟件觀行控制醫(yī)院財務部承擔貫徹落實醫(yī)院相關財務會計信息系統(tǒng)的內部控制戰(zhàn)略方針、現行政策和標準，并對平時財務會計信息系統(tǒng)運作開展統(tǒng)籌管理。控制系統(tǒng)設計控制醫(yī)院信息維護保養(yǎng)單位依據醫(yī)院具體情況沒計系統(tǒng)軟件整體方案，對程序運行的詳盡沒計和文本文檔編制管理開展控制。

軟件開發(fā)控制醫(yī)院信息維護保養(yǎng)單位對實際運用程序實施控制，對財務會計信息系統(tǒng)計算機語言的最開始品質開展嚴格把關。數據庫管理控制醫(yī)院財務部對財務報表和軟件系統(tǒng)檔案文件開展統(tǒng)一控制，確保財務會計信息真正靠譜，避免徇私舞弊個人行為產生。平時運用控制醫(yī)院信息維護保養(yǎng)單位對應用系統(tǒng)、電子計算機工作流程和硬件配置設備維護管理等控制，圍巾廠家另外還必須系統(tǒng)對實際操作工作人員開展監(jiān)管，避免出現濫用權力實際操作。